À l'exception d'un cas, les maisons de Kovačevo n'ont pas été incendiées, ce qui rend leur fouille particulièrement complexe, d'autant que les vestiges ont été retravaillés par l'érosion. La variété des techniques de construction est frappante. Un bâtiment au plan légèrement trapézoïdal exceptionnellement grand avec une surface de 156 m2 date de la deuxième période (Ib) du Néolithique ancien. Les tranchées et trous de poteaux sont bien visibles sur la photographie aérienne générale. Si une partie des habitations est construite à même le sol, d'autres sont aménagées au-dessus d'une fosse faisant office de vide sanitaire, sans doute en raison des conditions humides et pluvieuses de la région, dues au régime climatique méditerranéen. Les sols des habitations sont traditionnellement enduits d'une terre blanche carbonatée, à l'instar du Proche-Orient. Ces enduits sont régulièrement refaits, comme le montre la stratigraphie lorsqu'ils se sont effondrés dans les fosses sous-jacentes. Des espaces étaient ménagés entre les habitations, toutes d'orientation identique. Des fours à voûte et des foyers étaient installés à l'intérieur des bâtiments, pour le chauffage et la cuisson des aliments. Divers autres fosses ont été creusées. Des systèmes de fossés assuraient un drainage. Un puits à eau provient des niveaux du Néolithique moyen et est sans doute l'un des plus anciens connus en Europe. Aucune tombe d'adulte n'a été retrouvée, mais plusieurs tombes d'enfants, dont deux fœtus ou morts nés au fond de poteries, se trouvaient sous ou à côté des maisons. Plusieurs dépôts organisés d'animaux (chien, bucrane de bovidé) paraissent avoir eu une fonction particulière.