Au début des années 1990, les autorités syriennes lancent un programme international de sauvetage des sites archéologiques menacés par la construction d'un barrage sur l'Euphrate en Syrie du nord.
La mission de Tell Shioukh Faouqâni est créée en 1994 dans le cadre du Groupe international de recherches archéologiques (GIRA) coordonné par Luc Bachelot (CNRS) et par F. Mario Fales (Université de Udine - Italie). Elle comprend des archéologues, des historiens, des anthropologues et des spécialistes de l'environnement ancien. La première campagne franco-italo-syrienne a lieu en 1994 et sera suivie de quatre autres campagnes. En 1998, la composante italienne ayant obtenu la concession d'un autre site en Syrie, seule l'équipe franco-syrienne poursuit les fouilles. La mission française mène ensuite cinq autres campagnes, le programme étant actuellement en cours.
Tell Shioukh Faouqâni est l'un des sites de la région qui a connu la plus longue occupation : de la période des colonies urukéennes (Ve millénaire) jusqu'à l'époque abbasside (VIIIe siècle après J.-C.). Cinq secteurs ont été explorés simultanément (chantiers D, E, F, G, H). Ils correspondent aux principales périodes d'occupation du site.
Chantier D
Les vestiges dégagés dans ce secteur sont les plus anciens du site (fin du IVe millénaire). Il s'agit de bâtiments d'habitation particulièrement bien conservés, des soubassements à la couverture, qui fournissent un témoignage exceptionnel sur le début de l'urbanisation en Syrie du nord.
Chantier E :
Les fouilles conduites sur le chantier E (XVe-XIIe siècles av. J.-C.) ont permis la mise au jour d'un quartier d'habitations de l'âge du bronze récent (XIVe siècle av. J.-C.). Un matériel céramique considérable constitué de tous les types de poteries a été dégagé. Ce matériel constitue une collection de référence pour l'étude de l'occupation du site à cette période. Dans ce secteur, a été dégagé un habitat qui témoigne d'une occupation médio-assyrienne (XIe siècle av. J.-C.).
Chantier F :
Les fouilles conduites sur le chantier E (XVe-XIIe siècles av. J.-C.) ont permis la mise au jour d'un quartier d'habitations de l'âge du bronze récent (XIVe siècle av. J.-C.). Un matériel céramique considérable constitué de tous les types de poteries a été dégagé. Ce matériel constitue une collection de référence pour l'étude de l'occupation du site à cette période. Dans ce secteur, a été dégagé un habitat qui témoigne d'une occupation médio-assyrienne (XIe siècle av. J.-C.).
Chantier G :
Dans ce secteur ont été mises au jour des tablettes d'argile assyro-araméennes (VIIe siècle av. J.-C.) écrites en caractères cunéiformes assyriens et en caractères alphabétiques araméens. Ces archives sont celles d'un homme d'affaire araméen qui traite avec des officiels du palais assyrien de Til Barsip situé à environ 20 kilomètres de Tell Shiukh Fawqani. Cette découverte est particulièrement intéressante compte tenu de la rareté de ce type de document.
Chantier H :
Dans ce secteur a été découverte une vaste nécropole à incinération (XIIe-VIIe siècles av. J.-C.) témoignant d'une pratique funéraire inhabituelle dans un contexte mésopotamien, la crémation plutôt que l'inhumation. Ainsi, cette pratique révèle l'existence d'une double culture, mésopotamienne et anatolienne. Le bon état de conservation des sépultures (amas osseux et matériel d'accompagnement) a permis une étude anthropologique poussée. La publication de cette nécropole, sous la forme d'une monographie, est actuellement en cours.

Les archives de fouilles versées en 2005-2006 sont issues des cinq premières campagnes conduites entre 1994 et 1998 et dont les résultats ont été publiés en 2005.