Jean Perrot est né le 10 juin 1920 à Landresse (Doubs) près de Besançon, d’un père instituteur et directeur d’école et d’une mère institutrice. Après des études secondaires à Besançon, puis Vesoul, il s’installe à Paris en 1939 pour suivre l’enseignement de l’École Nationale Supérieure des Arts décoratifs. Passionné par l’Orient, attiré par l’architecture et l’archéologie, il s’inscrit en 1942 à l’École du Louvre. Il y suit les cours d’André Parrot et René Dussaud en archéologie orientale puis ceux de James G. Février sur les Phéniciens à l’EPHE. En 1945, à la fin de sa formation à l’École du Louvre, une bourse de l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres lui est proposée pour suivre une formation à l’archéologie de la Palestine durant un an, à l'École biblique et archéologique de Jérusalem. Il y est accueilli par le père Vincent qui le forme et effectue ses premières fouilles aux côtés du père Roland de Vaux à Telle el’Farah près de Naplouse. Le 1er octobre 1946, certainement sur recommandation de René Neuville, Jean Perrot entre au CNRS en tant que stagiaire pour une période d’un an renouvelable. Il y fera toute sa carrière.
Il développe d'abord ses recherches en Israël sur les sociétés pastorales du IVe millénaire, puis sur la néolithisation (Abou Gosh, Abou Matar, Mallaha). Au début des années cinquante, interrompant pour quelques temps ses activités de terrain il revient à Paris pour suivre les cours de René Vaufrey et d’Henri Victor Vallois à L’Institut de Paléonthologie Humaine et ceux d’André Leroy Gourhan au Musée de l’Homme. C’est durant ce séjour en France qu’il rencontre François Bordes et Denise de Sonneville-Bordes. Leurs échanges permettent à Jean Perrot de perfectionner ses connaissances en typologie et débouche en 1954 sur la publication d’un ouvrage de référence avec D. de Sonneville-Bordes : le Lexique typologique du Paléolithique supérieur. Rentré en Israël en 1952, à la fin de la guerre d’indépendance, il reprend ses activités de terrain, sur deux nouveaux sites proche de Beershéva, Abou Matar en 1953 et Safadi en 1954. Sollicité par l’archéologue, politicien et militaire israélien Yigaël Yadin (1917-1984), il entame des fouilles à Hatzor en 1955 et y applique librement ses méthodes de fouille. C’est durant la campagne 1955 qu’il est appelé pour authentifier un site archéologique découvert à l’occasion de travaux de captation de la source d’Ain Malaha dans la vallée du Jourdain (lac Houleh). Un diagnostic archéologique réalisé en accord avec le Département des Antiquités lui permet de rapprocher le matériel lithique découvert de celui des sites natoufiens fouillés par l’archéologue anglaise D. Garrod (grotte de Shukbah et d’El Wad).
En 1958, sous l'influence de R.J. Braidwood, il développe des recherches plurisciplinaires qui le conduisent en 1964 à créer au CNRS une RCP (recherche coopérative sur programme, RCP50 puis RCP362) : "Civilisations préhistoriques et protohistoriques du Proche-Orient asiatique" réunissant géologues, anthropologues, archéozoologues, paléobotanistes de plusieurs nationalités travaillant sur plusieurs pays du Proche-Orient et en Ethiopie. Plus tard il fait évoluer la mission française en Israël, d'un cadre au départ informel à une Mission permanente du CNRS (MP3) qui devient le Centre de recherche français du CNRS en Israël ; il le dirige jusqu'à sa retraite. En juin 1967, à la demande d’André Parrot, prenant la succession de Roman Ghirshman (1895-1979), il est nommé par le ministère des Affaires étrangères directeur de la Délégation archéologique française en Iran (DAFI) et devient directeur de la Mission archéologique de Suse. En 1973, il fonde avec Bernard Vandermeersch la revue Paléorient, revue pluridisciplinaire de préhistoire et protohistoire de l’Asie du Sud-Ouest et poursuit une activité éditoriale jusqu’à la fin de sa vie.
