- FondsEP1-EP2063 - Equipe "Ethnologie préhistorique"
- Série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP444, EP452-EP458, EP700-EP704, EP720-EP722, EP740-EP741, EP750, EP760-EP761, EP770-EP772, EP780-EP781, EP790, EP800-EP803, EP810-EP816, EP820-EP822, EP830-EP832, EP850-EP854, EP880-EP884, EP890-EP891, EP900, EP950-EP952, EP960, EP970, EP980, EP990/1-EP990/2, EP1000, EP1010, EP1020, EP1030-EP1035, EP2032-EP2063 - Chantiers de fouilles
- Sous-série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP149, EP153-EP319, EP321-EP344, EP416-EP420, EP423-EP444, EP452-EP457-458 - Site d'Arcy-sur-Cure et Saint-Moré (Yonne)
- Sous-sous-série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP149, EP153-EP292, EP341, EP420, EP452-EP456 - Fouilles et prospections
- Sous-sous-sous-série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP121, EP452-EP455 - Documents généraux ou relatifs à plusieurs locus
- DossierEP122-EP123 - Carrière des sarcophages et Grande Grotte
- Sous-sous-sous-série organiqueEP124-EP149, EP153-EP174 - Grotte de l’Hyène
- DossierEP175 - Grotte des Ours, topographie générale
- DossierEP176-EP177 - Grotte des Fées
- Sous-sous-sous-série organiqueEP178-EP189 - Grotte du Bison
- DossierEP190-EP194 - Grotte du Cheval
- DossierEP195-EP211 - Grotte du Lagopède
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