- FondsEP1-EP2063 - Equipe "Ethnologie préhistorique"
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- Sous-série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP149, EP153-EP319, EP321-EP344, EP416-EP420, EP423-EP444, EP452-EP457-458 - Site d'Arcy-sur-Cure et Saint-Moré (Yonne)
- Sous-sous-série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP149, EP153-EP292, EP341, EP420, EP452-EP456 - Fouilles et prospections
- Sous-sous-sous-série organiqueEP5-EP9, EP13-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP121, EP452-EP455 - Documents généraux ou relatifs à plusieurs locus
- Sous-sous-sous-sous-série organiqueEP17-EP19, EP23-EP29, EP32-EP39, EP56-EP59, EP65-EP99, EP103-EP121 - Diathèque
- DossierEP35 - Grotte des Fées
- DossierEP67 - Grotte du Cheval
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