La « Mission archéologique française en Israël » nait de façon informelle à la fin des années cinquante. Elle est l’origine du plus ancien établissement du CNRS à l’étranger : le CRFJ (Centre de Recherche Français de Jérusalem). Son histoire commence au début des années cinquante, mais il faut remonter au milieu des années quarante pour en comprendre la genèse.En août 1946, Jean Perrot, boursier de la Direction générale des relations culturelles (DGRC) du Quai d'Orsay, désigné par l’Académie des inscriptions et belles lettres vient de passer une année en Israël en tant que pensionnaire à l’école biblique et archéologique française de Jerusalem. Après quelques semaines de fouilles organisée par l’école à Tell el Fara'h, première capitale d'Israël, Perrot souhaite rester en Israël. Il dépose un dossier auprès de la section « histoire » du Comité National de la Recherche Scientifique et le 1er octobre 1946, est recruté en tant que stagiaire par le CNRS. Le 1er octobre 1948, il obtient le statut d’ « attaché de recherches » du CNRS. C’est dans les années qui suivent que le jeune archéologue qui s’est rapproché de René Neuville décide de se consacrer à la période située entre le Paléolithique et le premier âge du bronze. Puis, à partir de 1950, il devient véritablement directeur des fouilles archéologiques françaises en Israël (Abou Gosh, puis Zoumeili).Nommé « chargé de recherches » du CNRS à l’automne 1951, Jean Perrot s’installe à Jérusalem dans un immeuble de la rue Ha Palmach. Dans le sous-sol du bâtiment, il aménage son bureau et progressivement, les locaux attenants deviennent le point d’ancrage des premières missions ; Perrot y crée un laboratoire photo et un dépôt destiné à accueillir le matériel issu des premières fouilles. Ainsi nait la base Israélienne d’une structure dépourvue de statut officiel que les instances parisiennes appellent en ce début des années cinquante : la « mission Perrot ». Si la structure administrative existe, elle ne bénéficie d’aucun soutien financier. Le jeune Archéologue vit de sa seule allocation de chercheur versée par la CNRS et peine à obtenir des crédits de fouilles délivrés par la DGRC dépendante du Ministère des affaires étrangères. Pendant les premières années de vie de la mission (Zoumeili, août 1952), il est donc soutenu par le service des Antiquités d’Israël, les municipalités situées à proximité des gisements (en particulier à Beershéva), le Museum Haarets et le ministère du travail israélien qui lui fournit une main d’œuvre quasi-gratuite. Mais ces soutiens ne suffisent pas. Pour sa première campagne à Abou Matar il se trouve obligé d’emprunter pour boucler le budget de la fouille et en 1954, pour le chantier de Safadi il fait appel à un mécène Israélien, le docteur Walter Moses, fondateur du Musée archéologique de Tel Aviv. La même année, la petite structure de la rue Ha Palmach accueille des étudiants de l’université hébraïque et les collègues du CNRS venus fouiller à Safadi : Thérèse Josien (archéozoologue), Denise Ferembach (anthropologue) ou Henri de Contenson (archéologue). La « mission Perrot » se structure et grâce aux résultats de ses activités de terrain, d’Abou Matar à Mallaha, il gagne progressivement la confiance de la commission des fouilles qui, à partir de 1955, le soutient plus régulièrement. Désormais, Perrot s’abrite sous le titre de « Mission archéologique française en Israël » et à la fin des années cinquante le CNRS lui accorde de meilleures subventions dans le cadre de ses missions. Malgré cela, il est obligé de continuer à faire appel à des financements extérieurs (American Philosophical Society et Werner Gren Fondation). En 1957, sur les conseils d’Émile Roche, président du Conseil économique en visite à Safadi, il crée « l’Association des amis de la Mission archéologique française en Israël » afin de récolter plus facilement des fonds.Lors d’un voyage aux États-Unis il apprend que la direction du CNRS envisage à l’automne 1963, de créer un nouveau type d’unités de recherches, les « recherches coopératives sur programme (RCP) » permettant le soutien financier de programmes interdisciplinaires. La formule ne s’applique pas encore à l’archéologie, mais en mai 1964, Jean Perrot dépose malgré tout un dossier pour créer la RCP « civilisations préhistoriques et protohistorique du Proche-Orient asiatique ». La RCP 50 nait quelques mois plus tard et modifie ainsi la « Mission archéologique française en Israël ». En 1967, Jean Perrot obtient enfin du CNRS que les locaux de Jérusalem, pont d’ancrage principal de la RCP soient financés par les crédits de mission de la RCP. À cette occasion, la structure de l’ancienne « mission Perrot » est rebaptisée CRPF (Centre de recherches préhistoriques français en Israël), mais le centre n’a toujours pas de véritable existence, le CNRS ne le soutenant que temporairement. Au début des années soixante-dix, Jean Perrot, nommé directeur de recherche (1971) propose de fonder enfin un centre permanent ; une structure stable avec un personnel fixe et un budget régulier en partenariat avec le CNRS et le ministère des affaires étrangères (MAE). Le projet n’aboutit pas, mais en 1973, il obtient enfin un statut pour sa formation, la RCP 50 déjà renouvelée deux fois devient « Mission permanente du CNRS en Israël » (MP3). Enfin, en 1979, quelques mois après l’installation de la mission dans un nouveau local (l’ancien monastère d’Emmaüs) le projet du début des années soixante-dix abouti et la MP3 devient « Centre de recherche français de Jérusalem » et obtient enfin de la DGRCST (Direction générale des relations culturelles, scientifiques et techniques) un soutien distinct des crédits de fouilles et une autonomie financière pour sa formation. Après le départ de Jean Perrot en 1989, le CRFJ devient une unité mixte de recherche.

La Mission de Suse a été dirigée par Jean Perrot à partir de 1968. Elle reçoit ses crédits de recherche du ministère français des Affaires étrangères et bénéficie pour la préservation, la restauration et la mise en valeur des ruines et des objets, de fonds du gouvernement iranien (Office national de protection des monuments historiques d'Iran et de la Direction générale des antiquités et des musées de l'Iran) et occasionnellement de fondations privées. La Délégation archéologique française en Iran (DAFI) lui apporte un soutien sur le plan du personnel et de l'équipement.Pour mener à bien les fouilles de Susiane et de Suse, Jean Perrot confie la responsabilité des différents chantiers à des chercheurs en majorité du CNRS (RCP 50 et RCP 362 sous la direction de J. Perrot, URA 19 Iran-Sud du Centre de recherches archéologiques/CRA, sous la direction de G. Dollfus, Unité d'archéologie islamique dirigée par J. Thomime-Sourdel) ainsi qu'à des universitaires américains (Ann Arbor Michigan, et UCLA). Chaque année des stagiaires-jeunes chercheurs iraniens sont envoyés à Suse par la Direction générale des antiquités et des musées de l'Iran pour participer aux fouilles et suivre chaque jour des cours théoriques. La formation de jeunes archéologues iraniens est pour J. Perrot et ses collègues une priorité.Les chercheurs, stagiaires iraniens, français et étrangers, techniciens et personnel pendant les saisons de fouilles sont hébergés et ont leurs laboratoires dans le "château de Suse" construit sur le site par J. de Morgan. Grâce aux recommandations de l'ambassadeur de France, R. de Souza, des donations d'entreprises françaises travaillant en Iran permettent d'agrandir le secteur hôtelier : chambres pour les stagiaires et grande salle à manger.Pluridisciplinaire et internationale, la mission de Suse a pour "objectif à long terme une évaluation globale du développement de la région de Suse et du Sud-Ouest de l'Iran, depuis les origines en recourant à l'analyse des variations du milieu naturel, de la population et de la structure de ses centres, de la modification des stratégies de subsistance, de l'évolution des échanges inter-régionaux, des aspects successifs de l'intégration politique. La condition première de cette étude est l'établissement d'une séquence archéologique solide, liée à un cadre chronologique aussi précis que possible" (Dossiers Histoire et Archéologie, n° 138, 1989, p.14). Ainsi, afin de couvrir toute l'histoire de Suse et de la plaine où elle s'est installée (du VIe millénaire au XIIe siècle après J.-C.) un programme de recherches stratigraphiques est lancé par Jean Perrot dès 1968. Plusieurs chantiers sont alors successivement ouverts dans la région de Suse et dans différents secteurs de l'agglomération : tepes Djaffarabad, Djowi et Bendebal, tepe de l'Acropole de Suse, tepe de la Ville Royale, tepe de l'Apadana, secteur du Chaour, tepe des Artisans et ville moderne de Suse. Les recherches de la mission française sont menées de concert avec celles que conduisent activement dans la même région, les différentes missions américaines ainsi qu'en étroite collaboration avec les archéologues iraniens, et notamment le Centre iranien de recherches archéologiques.A la fin de chaque campagne de fouilles, chaque chantier fait l'objet d'un rapport illustré graphiquement et photographiquement dont un exemplaire est adressé à Téhéran au Centre de recherches archéologiques iranien, un autre au ministère français des Affaires étrangères et au Centre de recherches archéologiques (CNRS). Un double des fiches, traduit en persan par le représentant du Département des antiquités et les stagiaires, est également remis au Centre de recherches archéologiques iranien de Téhéran.Tout le matériel archéologique (poterie, objets en pierre, en métal, en os, tablettes, monnaies, figurines, restes animaux et humains, etc.) retrouvé au cours des fouilles, est classé et rangé dans les réserves aménagées pour ce faire dans le "château", ou déposé dans les nouvelles réserves du musée de Suse. Les objets les plus intéressants sont remis au musée de Suse pour présentation au public. Le musée, créé par R. Ghirshman, a été agrandi avec l'aide de la mission française par l'Office des musées d'Iran (province du Khuzistan). Au début de la mandature de J. Perrot, il a été mis fin au "partage entre l'Iran et la France" des objets retrouvés lors des fouilles. Tous doivent rester en Iran, à Suse.En 1979 les travaux de terrain sont interrompus à Suse.Les résultats des travaux conduits entre 1968 et 1979 font, chaque année, l'objet d'articles dans les actes des symposiums de la recherche archéologique tenus annuellement à Téhéran.La quasi-totalité du matériel archéologique est publiée dans les quinze volumes des Cahiers de la Délégation archéologique française en Iran coordonnés par G. Dollfus et publiés par l’association Paléorient (distribution : éditions Faton). Par aillleurs, deux colloques internationaux ont eu lieu à Suse en 1977 et au centre culturel régional de Cirey-les-Bellevaux en 1985. Publiés dans la revue Paléorient, ils ont permis aux archéologues de proposer les premières synthèses. Un important ouvrage, coordonné par J. Perrot, concernant le Palais de Darius, a été publié en 2010 ( Perrot Jean dir., Le palais de Darius à Suse , Une résidence royale sur la route de Persépolis à Babylone, Paris : PUPS, 2010).

Tell Abu Hamid est un village néo-chalcolithique, situé sur la rive orientale du Jourdain entre le lac de Tibériade et la mer Morte. Il fut découvert en 1975 par une équipe jordano-américaine et reconnu comme un site majeur de la Vallée du Jourdain. Menacé par le développement des travaux agricoles, le site est fouillé à partir de 1985 à la demande du département des Antiquités de Jordanie. Sous la direction conjointe de Geneviève Dollfus et du Professeur Zeidan Kafafi (Yarmouk University), la mission franco-jordanienne conduit cinq campagnes de fouilles jusqu'en 1992. Puis des campagnes d'étude du matériel archéologique sont organisées jusqu'en 2007.La mission a bénéficié principalement du soutien du ministère français des Affaires étrangères, du CNRS, de l'université de Yarmouk et du département des Antiquités de Jordanie.La chronologie du site s'échelonne de la fin du 6e millénaire à 3600 av. J.-C. Trois phases principales ont été reconnues :- A l'origine (5200-4800), le village est occupé par des groupes d'éleveurs et de cultivateurs vivant dans des huttes semi-enterrées, les bassins et les foyers se trouvant à l'extérieur. Ces habitations sont ensuite remplacées par des maisons de forme ronde ou ovale. Vers 4700 av. J.-C., elles semblent avoir été abandonnées mais le site continue d'être occupé par des groupes plus mobiles.- Dans la deuxième moitié du Vème millénaire (4600-4300 av. J.-C.) Abu Hamid devient un village aux maisons construites en brique crue, formées de deux espaces : l'un à usage d'habitation comportant au moins une grande pièce rectangulaire, l'autre à usage de réserve. A l'intérieur, les murs sont enduits de plâtre et parfois décorés. Les bassins et les foyers sont situés à l'extérieur. La poterie montre qu'il existait des liens avec la Syrie du Nord et l'Anatolie méridionale.- Aux alentours de 4000-3800 av. J.-C., le village s'agrandit. Il couvre environ 6 hectares au début du IVème millénaire. Les habitations, dont certaines reposaient sur des soubassements en pierre, étaient largement espacées. Le village ne comprenait pas de mur d'enceinte et devait donner sur des champs de céréales, de légumineuses et d'oliviers. Durant cette période, la culture matérielle montre qu'il existait des liens étroits avec le Djaulan, le Hauran et le Neguev.Le village est abandonné vers 3600 av. J.-C.

L'Unité de recherche associée, URA 19 du CNRS (Centre de recherches archéologiques) a été dirigée par D. Dollfus de 1975 à 1986."L'URA 19 rassemble à temps plein ou partiel des archéologues, des épigraphistes et des chercheurs de disciplines connexes à l'archéologie (numismate, paléoethnozoologue, paléoethnobotaniste, géologue de la surface, géophysicien). Le programme des recherches est centré sur Suse et sa région : 5000 ans d'occupation quasi ininterrompue.La séquence archéologique et chronologique (absolue et relative) des sites de Susiane et de Suse constituent le pivot de l'histoire de l'Iran du Sud-Ouest et, à un moindre degré, de la Mésopotamie à l'Ouest, du Plateau iranien et des Pays du Golfe à l'Est.Les recherche sur le terrain ont été conduites, selon les grandes périodes, par G. Dollfus, pour les 6e et 5e millénaires, A. Le Brun et H.T. Wright pour les 4e et début du 3e millénaires, E. Carter pour le 3e et début du 2e millénaires, P. de Miroschedji pour la fin du 2e millénaire et le 1er, R. Boucharlat pour les périodes achéménide, parthe, sassanide, M. Kervran pour la période islamique ainsi que par F. Vallat pour l'épigraphie et R. Gyselen pour les études de numismatique." (URA 19 - Iran Sud (Centre de recherches archéologiques du CNRS), rapport d'activité 1983, p. 1.).

Les recherches de l'équipe Préhistoire en Méditerranée Orientale avaient pour cadre deux milieux géographiques différents :- une île, Chypre, où sont étudiés les développements d'une colonisation en milieu insulaire : le Néolithique précéramique de Chypre ou Culture de Khirokitia, une civilisation originale, aboutissement au 7e millénaire d'un long processus dont les débuts remontent au 9e millénaire et qui s'est déroulé dans le milieu clos que constitue une île.- les marges semi-arides, en Jordanie, où dans la vallée du Jourdain est étudié le développement de sociétés post néolithiques et en particulier les modifications d'ordre social et économique aussi bien que culturel qui conduisent à l'urbanisation.Les recherches s'organisent autour des thèmes suivants : environnement, architectures et organisation des espaces, mobilité : raisons et réseaux, évolution de l'économie, évolution des traits culturels dans un milieu insulaire.Les recherches de terrain s'appuient sur les fouilles de deux sites : le site de Khirokitia (Chypre) 7e-6e millénaires avant J.-C., réoccupé au 5e millénaire ; le site de Abu Hamid (Jordanie) fin du 6e-début du 4e millénaires.L'équipe étaient constituée de chercheurs permanents : Geneviève Dollfus, directrice de recherche CNRS, directrice de la mission archéologique de Abu Hamid, responsable de l'équipe PMO ; Alain Le Brun, directeur de recherche CNRS, directeur de la mission archéologique de Khirokitia ; Odile Daune-Le Brun, ingénieur de recherche CNRS.Elle comprenait des chercheurs et des enseignants chercheurs français et étrangers associés aux programmes de recherche (11 associés au programme "Chypre" et 12 associés au programme "Jordanie") ainsi que des doctorants et des post-doctorants.